厦门海关始设于1684年，至今已有330年的历史。目前下辖19个内设机构（副厅级1个，正处级18个），7个隶属海关（副厅级1个，正处级6个），6个派驻机构，6个缉私分局和3个事业单位，另有海关学会、报关协会和统计学会3个社会团体。现有关警员2035人（关员1651人、警员384人），平均年龄39岁，党员比例69.74%，大学本科以上比例78.21%；离退休人员220人。另有执勤武警官兵370人。

厦门关区地处海峡西岸中心区域和对台工作前沿，管辖范围包括厦门、漳州、泉州和龙岩4地市，总面积4.42万平方公里，海岸线长1474公里。关区主要有三个突出特点：一是开放型经济发展水平较高。关区现有2个空港口岸、3个海港口岸和17个开放港区；有外商投资企业1.9万家，各类监管场所76个，进出口总值约占福建省近8成。二是业务门类齐全。关区海、陆、空、邮、加贸等监管业务一应俱全，设有保税港区、保税区、出口加工区、保税物流园区等海关特殊监管区域4处、陆地港2处。此外，邮轮监管、飞机维修监管等业务也颇具规模。三是对台特色鲜明。厦门市是全国唯一的对台海运快件试点城市，是全国最大的台湾水果进口集散地，大嶝对台小额商品交易市场为全国首家，厦金、泉金直航“小三通”已成为两岸交流往来的“黄金通道”，厦金建立了邮包总直封关系，对台交流交往进一步密切，关区对台监管业务发展迅猛。

十三届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革方案》明确“原国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”，目前关区转隶工作已完成，机构职能、组织机构相关信息待新“三定”方案后更新。