下设机构：总值班室、机要档案科、文秘科、新闻办、外事办。

2、关税处
承担关区综合治税牵头推动相关工作。
工作联系电话：0592-2355100
下设机构：原产地管理科、税则税政科、估价征管科、关税征管科。

3、卫生检疫处
承担海关卫生检疫相关工作制度、技术规范的相关工作。
工作联系电话：0592-2355913
下设机构：检疫管理科、卫生监督科、疾病监测科。

4、动植物检疫处
承担出入境动植物、动植物产品和其他应检物检疫监管工作制度的相关工作。
工作联系电话：0592-2355920
下设机构：动检科、植检科。

5、进出口食品安全处
承担进出口食品、化妆品安全相关工作。
工作联系电话：0592-2355931
下设机构：食品安全一科、食品安全二科、食品安全三科。

6、商品检验处
承担进出口商品法定检验和监督管理相关工作。
工作联系电话：0592-2355954、2355958
下设机构：商品检验一科、商品检验二科。

7、综合业务处
承担海关全国通关一体化、日常业务综合协调、业务改革推进、知识产权海关保护等相关工作。
工作联系电话： 0592-2356073
下设机构：业务协调科、通关管理科、改革发展科、知识产权科。

8、法规处
承担关区法治海关建设工作，组织推动依法行政工作。
工作联系电话： 0592-2355816
下设机构：法制协调科、复议应诉科。

9、自贸区和特殊区域发展处
承担自由贸易试验区监管制度创新推动相关工作，承担海关特殊监管区域、保税物流中心设立、变更、退出相关初审工作。
工作联系电话： 0592-2355202、2355198
下设机构：自贸区建设科、保税监管科、特殊区域科。

10、口岸监管处
承担进出境运输工具、货物、物品、动植物、食品、化妆品和人员的海关检查、查验、检验、检疫、物流监控、监管作业场所等相关口岸监管工作。
工作联系电话： 0592-2355161
下设机构：运行监控科、物流管理科、查验管理科、快件邮件管理科、行李物品管理科。

11、统计分析处
承担进出口货物贸易统计、业务统计、报关单数据和单证管理、业务数据安全管理、统计分析研究、监测预警、统计调查、统计服务等相关工作。
工作联系电话： 0592-2355319、2355325
下设机构：统计调查科、分析研究科、数据管理科。

12、企业管理和稽查处
承担关区企业资质管理，企业信用管理，企业稽查、核查、贸易调查等相关工作。
工作联系电话： 0592-2355229、2355251
下设机构：执法规范科、稽核查管理科、资质管理科、信用管理科。

13、财务处
承担关区财务管理、关务保障、资产管理等相关工作。
工作联系电话： 0592-2355587
下设机构：税费事业科、预算稽核科、经费科、缉私经费科、资产管理科、私货管理科。

14、科技处
承担关区科技装备保障、网络基础设施建设、信息系统、实验室管理等相关工作。
工作联系电话： 0592-2355635
下设机构：科研与实验室管理科、政务应用科、业务应用科、网络通信科、安全运行科。

15、督察内审处
承担关区执法监督、执法评估、内部控制、内部审计等相关工作。
工作联系电话： 0592-2356089
下设机构：审计科、督察科、内控科、执法评估科。
16、人事处（党委组织部）
承担关区人事管理、工资管理、干部管理工作，承担厦门海关党委组织部相关工作。
工作联系电话： 0592-2355900
下设机构：干部监督科、干部管理科、人事管理科、工资机构编制科。

17、教育处
承担关区教育培训工作。
工作联系电话： 0592-2356037
下设机构：教育科、培训科。

18、机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室）
承担关区党群、工会、团委、妇委会、文联、党风廉政建设日常工作。承担厦门海关党委宣传部、党委巡察工作办公室各项工作。
工作联系电话： 0592-2355838
下设机构：宣传科、组织科、群团工作科、准军党廉建设科、巡察一科、巡察二科。

19、监察室（党委纪检组）
承担监督关区各级领导班子落实全面从严治党主体责任，审查违反党纪案件、调查政务处分案件、提出问责建议、指导协调 “一案双查”等工作。承担厦门海关党委纪检组各项工作。
工作联系电话：0592-2028747
下设机构：审理科、审查科、监督科。

20、离退休干部办公室
承担离退休干部相关工作，指导隶属海关单位离退休干部工作。
工作联系电话：0592-2355885
下设机构：服务保障科、医疗保健科。