承担厦门国际邮轮港、五通码头、五缘湾游艇港各类海关管理工作。

下设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、法律事务科、综合业务科、口岸监督科、运行监控科、邮轮旅检科、查验科。

派驻机构：驻五通办事处（副处级）。内设机构：综合保障科、综合业务科、口岸监督科、旅检科。