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上海市审计局是主管全市审计工作的市政府组成部门。
主要职能包括：
1.贯彻执行有关审计工作的法律、法规、规章和方针、政策。
2.向市委审计委员会提出年度本级预算执行和其他财政收支情况审计报告。向市政府和审计署提出年度本级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告。受市政府委托，向市人大常委会提出本级预算执行和其他财政收支情况的审计工作报告、审计查出问题整改情况报告。向市委、市政府报告对其他事项的审计和专项审计调查情况及其结果。依法向社会公布审计结果。
3.对国家和全市有关重大政策措施贯彻落实情况进行审计监督。
4.对本级预算执行情况、决算草案以及其他财政收支情况进行审计监督。对本级各部门（含直属单位）和区级政府的预算执行情况、决算草案以及其他财政收支情况进行审计监督。
5.对使用财政资金的市属事业单位和社会团体的财务收支进行审计监督。
6.对市属国有金融机构和国有资本占控股或者主导地位的金融机构的资产、负债和损益进行审计监督。
7.对市政府部门管理和其他单位受市政府及其有关部门委托管理的社会保障基金、住房公积金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支进行审计监督。
8.对自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况进行审计监督。
9.对市属国有企业、国有资本占控股或者主导地位的企业的资产、负债和损益进行审计监督。
10.根据审计署授权，对国际组织和外国政府援助、贷款项目进行审计监督。依法对市属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益进行审计监督。依法对国有资本占控股或者主导地位的企业和金融机构的境外资产、负债和损益进行审计监督。
11.按照规定对市管党政主要领导干部及其他单位主要负责人进行经济责任审计和自然资源资产离任（任中）审计。
12.对本级政府投资和以本级政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督。
13.组织实施对财经法律、法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理以及国有资产管理使用等与财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。
14.依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题，依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或者市政府裁决中的有关事项。协助配合有关部门查处相关重大案件。
15.指导和监督内部审计工作。在进行审计或者专项审计调查时，有权对社会审计机构出具的相关审计报告进行核查。
16.与区委、区政府共同领导区审计机关。
17.组织审计科学研究和学术交流，开展审计领域的国际交流与合作。组织审计专业培训。
18.完成市委、市政府交办的其他任务。
19.职能转变。加强全市审计工作统筹，理顺内部职责关系，优化审计资源配置，构建集中统一、全面覆盖、权威高效的审计监督体系。优化审计工作机制，坚持科技强审，完善业务流程，改进工作方式，加强与相关部门的沟通协调，充分调动内部审计和社会审计力量，增强监督合力。
上海市审计局设下列内设机构：
（一）秘书处。负责处理市委审计委员会办公室日常事务。
（二）办公室。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、安全、保密、信访、财务、后勤保障等工作。
（三）人事处（老干部处）。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、教育培训、离退休干部、审计专业技术职称考评等工作。承办协管区审计机关负责人的有关工作。
（四）综合计划处（政策研究室）。承担拟订审计工作发展规划和年度审计项目计划工作。承担本级预算执行和其他财政收支情况的审计报告、审计结果报告、审计工作报告和审计查出问题整改情况报告的起草工作。对审计工作相关重要问题进行研究。承担信息、新闻宣传、政务公开等工作。联系特约审计员。
（五）法规处（审理处）。承担有关审计工作的地方性法规、规章草案及制度的起草工作。承担审理有关审计业务事项，组织实施审计机关审计项目质量检查等工作。
（六）财政审计处。承担本级预算执行、决算草案和其他财政收支情况审计的组织实施工作。组织审计税收征管和社会保险费征收等情况。承担组织审计国家和全市有关重大政策措施贯彻落实情况等工作。
（七）地区审计处。承担区级政府的预算执行、决算草案和其他财政收支情况以及区党政主要领导干部经济责任审计的组织实施工作。
（八）金融审计处。组织审计市属国有金融机构和国有资本占控股或者主导地位的金融机构的资产、负债和损益状况。
（九）行政事业审计一处。组织协调行政事业单位审计工作。承担党政机关、司法机关、人大政协机关、民主党派、群团组织等单位的预算执行、决算草案和其他财政收支情况审计的组织实施工作。承担使用财政资金的市属事业单位和社会团体的财务收支审计的组织实施工作。
（十）行政事业审计二处。承担教育、科技、文化、卫生等部门的预算执行、决算草案和其他财政收支情况审计的组织实施工作。
（十一）社会保障审计处。组织审计市政府部门管理和其他单位受市政府及其有关部门委托管理的社会保障基金、住房公积金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
（十二）资源环境审计处（农业农村审计处）。组织开展自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况以及市管主要领导干部自然资源资产离任（任中）审计。组织开展政府性基金预算情况审计。组织开展农业农村审计工作。
（十三）企业审计一处。组织协调企业审计工作。组织对市属国有和国有资本占控股或者主导地位的加工制造、高新技术等竞争类企业的资产、负债和损益进行审计。组织对市级国有资本经营预算情况进行审计。
（十四）企业审计二处。组织对市属国有和国有资本占控股或者主导地位的商业贸易、现代服务等竞争类企业的资产、负债和损益进行审计。
（十五）企业审计三处（涉外审计处）。组织对市属国有和国有资本占控股或者主导地位的功能类、公共服务类企业的资产、负债和损益进行审计。依法组织对市属国有企业和金融机构、国有资本占控股或者主导地位的企业和金融机构的境外资产、负债和损益进行审计。承担对国际组织和外国政府援助、贷款项目进行审计的工作。
（十六）经济责任审计处。组织实施对市管党政主要领导干部、国有企事业单位主要领导人员以及区审计机关主要负责人的经济责任审计。
（十七）固定资产投资审计一处。组织协调固定资产投资审计工作。组织对政府投资和以政府投资为主的建设项目、关系到国家利益和公共利益的重大工程项目的预算执行、决算和建设运营情况进行审计。
（十八）固定资产投资审计二处。组织对全部和主要使用市政府部门管理或者受市政府委托管理的公共资金项目、市属国有和国有资本占控股地位或者主导地位的企业（含金融机构）投资项目等项目的预算执行、决算和建设运营情况进行审计。
（十九）电子数据审计处。组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用。组织实施对有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。
（二十）内部审计指导监督处(审计整改督查处)。组织对内部审计机构进行业务指导和监督，检查内部审计业务质量。组织核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题。
按照有关规定设置机关党委。
