你公司营改增后可以按照扣除分包款后的余额计算缴纳增值税，所得税的政策同之前是一样的，营改增并未对所得税变化作出规定。
政策依据：
《关于全面推开营业税该征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）
附件2：
《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
4.一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2％的预征率在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
5.一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
6.试点纳税人中的小规模纳税人（以下称小规模纳税人）跨县（市）提供建筑服务，应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
