当地出入境管理局的港澳台窗口办理。 像办理就台胞证一样，首先需要填写一份表格，并附上一张2寸的证件照。台胞证的年限分两种：3年或5年，可以根据需要自行选择。与旧台胞证不一样的是，由于新的卡式台胞证有芯片，因此需要到一间房间里照相，照片最后会放在卡上，还会打上浮水印。当然，卡式台胞证还是需要付少额的手续费，并需要于10个工作日后凭领件收据来取件。凭取件收据到出入境管理局取件。大陆的取件系统很方便，办事员只要凭借收据上的条码，就可以马上“刷卡”拿到证件。
具体办理单位如下：
1、外交部驻香港、澳门特派员公署领事部，香港、澳门中国旅行社;
2、福建、上海、江苏、北京、天津、重庆、浙江、广东、四川、辽宁、山东、安徽、河南、湖北、湖南、广西、海南、贵州、云南、陕西20个省(市、区)公安机关出入境管理机构。
台湾居民在大陆的，目前可以向授权的北京、上海、天津、重庆、福建、浙江、江苏省、直辖市公安机关出入境管理部门申请补发、换发5年有效台湾居民来往大陆通行证和签注;在其他省(区、市)的，可向当地公安机关出入境管理部门申请办理一次有效台湾居民来往大陆通行证、签注。
福建省福州、厦门市公安机关可通过代办旅行社受理台湾金门、马祖、澎湖地区居民5年有效台湾居民来往大陆通行证和签注申请。
