负责人：吴健玲，
联系电话：0770-2820101，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
工作职责：负责机关日常运转工作，承担文电、安全、机要、保密、档案、统战、机构编制、人事、离退休人员、党群、绩效考评、财务、机关后勤等工作。
水生态环境科
负责人：陈娇桂，
联系电话：0770-2831510，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
工作职责：配合拟订水生态相关政策、法规、规章、标准及规范并组织实施。负责全市地表水生态环境监管，拟订重点流域生态环境规划并监督管理，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，指导和监管入河排污口设置，监督农村环境综合整治工作。负责全市海洋生态环境监管工作，监督陆源污染物排海，负责防治海岸和海洋工程建设项目、海洋油气勘探开发和废弃物海洋倾倒对海洋污染损害的生态环境保护工作，监督指导入海排污口设置，承担海洋倾倒区划定有关工作。
生态综合管理科
负责人：宾泽全，
联系电话：0770-2825980，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
工作职责：组织起草生态环境保护综合性规划，开展全市生态状况评估，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作，指导生态示范创建，承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。承担生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作，承担生态环境科技工作，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。承担生态保护补偿有关工作。负责全市土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。负责全市固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。负责核与辐射安全的监督管理。负责全市生态环境准入的监督管理，拟订生态环境准入清单并组织实施。组织开展污染源监督性监测、温室气体减排监测、应急监测，负责生态环境应急工作。
大气环境科
负责人：程国强，
联系电话：0770-2822976，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
工作职责：负责全市大气、噪声、光、化石能源、恶臭、机动车等污染防治的监督管理，配合拟订相关政策、法规、规章、标准及规范并组织实施。组织拟订重污染天气应对措施，组织协调全市大气面源污染防治工作。负责应对气候变化和温室气体减排工作，负责生态环境区域合作工作，承办有关生态环境国际条约在我市的履约工作。组织生态环境统计、污染源普查和污染物总量减排工作。
法规宣传科
负责人： ，
联系电话：0770-2825800，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
工作职责：起草生态环境保护规范性文件，承担有关行政复议、行政应诉等工作。负责组织生态环境保护宣传教育工作，负责政务公开和信息化工作。承担生态环境对外合作工作。负责干部教育培训工作。承担生态环境保护标准和技术规范的监督实施工作。落实生态环境损害赔偿制度改革。
防城港市生态环境影响评价中心
负责人：潘裕，
联系电话：0770-2833895，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市固体废物管理中心
负责人：石荣，
联系电话：0770-2825100，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市核与辐射环境监督管理站
负责人：廖春凯，
联系电话：0770-2825100，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市生态环境保护综合行政执法支队
负责人：邓朝国，
联系电话：0770-2862086，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市上思生态环境监测站
负责人：黄志丹，
联系电话：0770-8517638，
办公地址：防城港市上思县思阳镇民政西路132-8号。
防城港市机动车排放污染管理中心
负责人：吴晓春，
联系电话：0770-2825586，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市园区生态环境保护站
负责人：覃洪森，
联系电话：0770-2822976，
办公地址：防城港市行政中心区万鹤路。
防城港市港口生态环境监测站
负责人：万思斯，
联系电话：0770-2063701，
办公地址：防城港市港口区凯乐路50号。
