1、办公室（党委办公室）
主要职责：负责汕头海关机关和党委日常运转，承担安全、保密、档案、文秘、信访、外事、政务公开、口岸管理、应急值守、会议管理、公务接待、信息宣传、新闻舆论、重要文稿起草、督办等工作。牵头拟订机关内部管理规定并组织实施。联系和协调地方口岸工作。指导和协调关史研究工作。承担党委办公室工作。
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2、法规和综合业务处
主要职责：承担关区规范性文件、重大改革和规章制度合法性审查工作，承担行政审批管理、知识产权海关保护、海关标准化工作，承担有关行政复议和行政应诉工作。承担日常业务统筹协调、综合管理事项，承担全国通关一体化相关工作。牵头落实海关总署重大改革部署，承担关区重大改革事项、促进外贸发展措施的统筹规划、综合协调、整体推进、督促落实工作。牵头拟订关区业务综合发展规划，承担与海关有关的技术规范的贯彻落实。牵头落实国家禁止或限制进出境货物、物品的海关监管制度，协调开展技术性贸易措施工作。承担通关流程标准、申报规范、通关运行管理工作。
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3、关税处
主要职责：承担进出口关税及其他税费征管规定在关区的组织实施，推动关区综合治税工作，承担税收分析、征管质量监控等工作。承担进出口商品分类目录、原产地规则及签证管理、海关估价、验估等相关工作。组织实施国家关税和进口环节税减免、反倾销和反补贴措施、保障措施及其他关税措施。组织实施涉嫌走私、违规案件偷逃税款计核工作。
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4、卫生检疫处
主要职责:拟订关区出入境卫生检疫监管工作制度及口岸突发公共卫生事件处置预案，承担出入境卫生检疫、传染病监测、卫生监督、卫生处理的监督管理以及口岸突发公共卫生事件应对及指导工作。
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5、动植物检疫处
主要职责：拟订关区出入境动植物及其产品检验检疫的工作制度，承担出入境动植物及其产品检验检疫的管理工作，按分工组织实施风险分析和紧急预防措施，承担出入境转基因生物及其产品、生物物种资源检验检疫的管理工作。
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6、进出口食品安全处
主要职责：拟订关区进出口食品、化妆品安全和检验检疫的工作制度，承担关区进口食品、化妆品的检验检疫、监督管理工作，承担进口食品境外生产企业注册管理相关工作，按分工组织实施风险分析和紧急预防措施。依据多双边协议承担出口食品相关工作。
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7、商品检验处
主要职责：拟订关区进出口商品法定检验和监督管理工作制度并组织实施，承担进口商品安全风险评估、风险预警和快速反应工作。承担关区国家实行许可制度的进口商品验证工作，监督管理法定检验商品的数量、重量鉴定。依据多双边协议组织落实出口商品检验相关工作。
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8、口岸监管处
主要职责：组织落实进出境运输工具、货物、物品、动植物、食品、化妆品和人员的海关检查、检验、检疫工作制度，组织落实物流监控、监管作业场所及经营人、监管设备管理工作制度，组织落实进出境邮件快件、暂时进出境货物、进出境展览品等监管制度。承担关区内国家禁止或限制进出境货物、物品的口岸监管职能管理工作，海关口岸监管环节的反恐、防扩散、出口管制等职能管理工作，承担进口固体废物、进出口易制毒化学品等口岸监管职能管理工作。承担跨境电商等非贸业务的职能管理工作。
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9、统计分析处
主要职责：承担海关统计制度的组织实施，承担进出口货物贸易统计和海关业务统计，编制并发布海关统计资料，开展海关业务统计分析。承担对外贸易形势和进出口情况分析，撰写进出口监测预警分析报告，发布海关统计信息。承担报关单数据质量监控、单证管理工作，推动服务进出口企业的信息公共服务平台建设工作。配合总署开展海关服务和推动国家重大开放战略研究，拟订关区海关事业发展规划。
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10、企业管理和稽查处
主要职责：承担海关信用管理制度的组织实施。组织实施海关稽查、核查及贸易调查、市场调查、主动披露等制度。承担关区重大敏感、疑难复杂等专项稽查行动的组织、协调和指挥等工作。
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11、缉私局
缉私局是全关缉私工作的职能管理部门。负责反走私综合治理工作；查处走私违规案件，侦办走私犯罪案件，开展缉私情报工作；负责跨关区打击走私违法犯罪的组织协调工作。
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12、财务处
主要职责：拟订关区各类资金、专用基金和国有资产、基本建设、政府采购、涉案财物、车船装备及制装等管理制度并组织实施；承担征收的税费资金和罚没收入的收缴入库管理工作；承担预决算管理工作。
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13、科技处
主要职责：拟订关区科技发展、科技装备保障、信息化标准规范、实验室建设规划并组织实施，开展相关科研、技术引进、科技应用项目开发、推广和运行的管理，承担网络及信息系统安全工作。
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14、督察内审处
主要职责：拟订关区执法监督、执法评估、内控机制和内部审计工作制度并组织实施，拟订关区领导干部任期经济责任审计和管理审计等制度并组织实施，对关区贯彻落实中央重大决策部署以及总署党委、关党委（党组）工作部署情况进行督察。
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15、人事处（党委组织部）
主要职责：承担干部人事、机构编制、海关关衔、劳动工资、职称评审、奖惩、因私出国（境）、人才队伍、工勤人员管理等工作。
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16、机关党委（思想政治工作办公室）
主要职责：承担关区文化建设、精神文明建设、准军事化纪律部队建设、党风廉政建设等工作。指导关区党建、群团线条工作。承担党委宣传部、党委巡察工作。协调办理政治部相关事务。
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17、监察室（党委纪检组）
主要职责：承担关区反腐败工作，开展监督执纪问责，受理检举、控告，审查、调查违纪行为。承担党委纪检组工作。
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19、离退休干部办公室
主要职责：承担关区离退休干部工作，指导相关单位开展离退休人员服务管理工作。
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20、教育处
主要职责：拟订关区教育培训管理制度及工作计划并组织实施。统筹指导开展各类培训和考试，协调开展教育培训对外合作工作。承担兼职教师队伍和培训教材管理、在职学历教育管理工作。
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