负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、督查、新闻宣传等工作。

2、综合发展处 
传真：021-63751726 邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担建立统一的科技管理平台有关工作，会同有关方面提出优化配置科技资源的政策措施建议。具体承担部市合作和市级重大科技项目的组织、协调。组织科技奖励工作。组织协调国际大科学计划和大科学工程。

3、科普工作处 
传真：63582686   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
拟订科学技术普及工作规划、计划和政策，并组织实施，承担市级科普项目管理工作，组织大型科普活动，推动科普工作创新发展。

4、社会发展科技处 
传真：63582658   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
拟订社会发展领域科技创新的规划和政策，提出重大任务并监督实施，推动重大关键技术攻关。推动绿色技术创新，承担科技应对气候变化有关工作。

5、人才工作处 
传真：63584447   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
研究编制本市科技人才发展规划并组织实施。优化本市科技人才培养、引进、使用、评价、激励政策体系。统筹协调、组织实施本市科技人才培养工程和计划。负责科技人才职称评审相关工作。承担市科技系统人才工作领导小组办公室日常工作。

6、资源保障与管理处 
传真：63583974   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担科技工作资金协调、评估、监管机制相关工作。承担本部门预算管理的资金预决算、拨付及使用监督管理工作。推动多元化科技投入体系建设。

7、基础研究处 
传真：63582628   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
编制基础研究发展规划、政策并组织实施，研究提出重大基础研究和应用基础研究的重大任务并监督实施。参与编制重大科技基础设施建设规划和监督实施。承担管理上海市自然科学基金并组织实施。组织实施科技人才培养计划。

8、创新服务处 
传真：63580799   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
牵头技术转移体系建设，拟订科技成果转移转化、促进产学研结合相关政策措施并监督实施。指导科技服务业、技术市场和科技中介组织发展。承担推动科技园区建设、高新技术企业发展有关工作。

9、政策法规与创新体系建设处 
传真：63582808   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
拟订科技体制改革的政策和措施，推进创新体系建设和科技体制改革，会同有关方面健全科技创新激励机制。优化科研体系建设，指导科研机构改革发展和新型研发机构建设。

10、研发基地建设与管理处 
传真：63582889   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担推进研发与转化功能型平台建设。承担对科技研发基地、研发公共服务平台的整体规划、建设、评估工作。

11、高新技术处 
传真：63267474   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
编制相关领域高新技术发展的规划和政策，组织开展相关领域技术发展需求分析，提出重大任务并监督实施，推动重大关键技术攻关。协同推进军民融合科技创新，承担推进科技军民融合发展相关工作。

12、外国专家服务处（引进国外智力管理处） 
传真：63587178  邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
拟订外国专家管理办法，推动建立外国顶尖科学家、团队吸引集聚机制和重点外国专家联系服务机制，承担重点外国专家服务工作。拟订引进国外智力规划和政策，拟订出国（境）培训总体规划、政策和年度计划并监督实施，组织实施有关出国（境）培训项目。
13、战略规划处 
传真：63586594   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
拟订科技创新发展战略、规划并协调实施，负责重要文件起草。建立并推进重大战略的决策咨询机制。承担组织编制和实施软科学研究规划和计划。

14、国际合作处（港澳台办公室） 
传真：63584450   邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担科技外事和国际科技合作工作，组织开展科技对外交往、科技人才交流及创新能力开放合作的规划、政策和措施并推动落实，实施“一带一路”科技创新合作行动计划。会同有关方面具体承担对在沪外资研发中心的管理服务。承担涉港澳台科技合作与交流工作。
15、生物技术和医药处 
传真：63584454  邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担生物医药领域科技工作，参与编制生物医药产业等领域中长期发展规划，拟订生物医药领域科技攻关项目指南并组织实施、评估、监督，承担推进生物与医药新产品产业化工作。
16、科技监督与诚信建设处 
传真：63583840  邮编：200003 
地址：上海市人民大道200号
承担科技监督评价体系建设和科技评估管理相关工作，提出科技评价机制改革的政策措施建议并监督实施。承担科研诚信建设工作。