菏泽，乃伏羲之桑梓，尧舜之故里，先为商汤之京畿，继属曹国之疆土，后建曹州之区域。 古为济水所汇，菏水所出，连通古济、泗两大水系的天然湖泊。唐代更名为龙池，又名九卿波，清称夏月湖，今湮，遗址在菏泽市牡丹区东南15公里处。 据清乾隆二十一年本《曹州府志》记载：清“雍正十三年（1735）曹州升为府，设附郭县，疆域仍州之旧，赐名菏泽”。 自此，“菏泽”作为一个县、市、区的专名沿用至今。

菏泽市位于山东省西南部，古称曹州，地处鲁苏豫皖四省交界地区，东与济宁市相邻，东南与江苏省徐州市、安徽省宿州市接壤，南与河南省商丘市相连，西与河南省开封市、新乡市毗邻，北接河南省濮阳市。菏泽市辖牡丹区、定陶区、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明 2区 7县（2016年4月 29日，定陶县正式撤县设立定陶区）1个菏泽鲁西新区（省级新区），167个乡、镇、街道办事处（乡 6个，镇 127个，34个街道办事处），5033个村（社区）。

菏泽历史悠久，是中华民族的发祥地之一。据史书记载，早在四千年以前的新石器时代，我们的祖先就在这里繁衍生息，渔猎耕种，创造着古代人类文明。至今，菏泽大地仍保留着许多原始社会的历史遗迹，比较著名的有牡丹区安邱堌堆、曹县安陵堌堆、郓城县肖堌堆、东明县窦堌堆、定陶县官堌堆、鄄城县历山堌堆等等。
夏代，分属于兖、徐、豫三州。商代，境内中部有三鬷国，定陶与曹县之间有莘国，鄄城与郓城之间有顾国、黎国。西周，今境中部属曹国，东部属鲁国和茅国，西北部属卫国，南部属宋国，东南部有郜国，东北部有须句国，西南有贯国。春秋、战国时期，境内分属宋、鲁、卫国。秦，境内中部、北部属东郡，南部和东部属砀郡。汉，境内分属东郡、山阳郡、济阴郡及豫州之梁国。三国时期，境内属曹魏的兖州。西晋时，境域分属兖州济阴郡、濮阳国、高平国、东平国、陈留国和豫州梁国。东晋十六国时期，境域先为后赵、前燕、前秦、后燕等国据有，后属东晋之济阴、濮阳、高平、北济阴郡。
 　　南北朝初期，境内东部属刘宋，西部属北魏。公元 527年(北魏孝明帝孝昌三年)，置西兖州，济阴郡改属西兖州，州、郡同治定陶。不久，州郡同迁左城(今定陶县西力本屯一带)。公元534年(天平元年)，北魏分为东、西魏，境内属东魏西兖州的济阴郡、濮阳郡。公元578年(北周武帝宣政元年)，北周灭北齐，改西兖州为曹州，仍治左城，是为曹州得名之始。隋，境内中部属曹州，北部属濮州，东北部属郓州，东南部属戴州，南部属宋州。唐代，境内属河南道。五代十国时期，境域分属曹州、濮州、郓州、宋州、单州。北宋，境内初属京东路。元代属中书省。明代，境内大部属山东承宣布政使司所辖的兖州府，西部和北部各有一部分，个别属京师大名府和山东布政使司所辖的东昌府。1368年(明洪武元年)，因水患将曹州迁徙安陵镇(今牡丹区大黄集镇安陵集)，次年又迁至盘石镇(今曹县城)。1371年(洪武四年)降曹州为曹县。1445年(明正统十年)，复置曹州，领两县。1724年(清雍正二年)曹州升为直隶州。1735年(清雍正十三年)，曹州升为府，辖1州10县(濮州、菏泽县、曹县、定陶县、成武县、单县、巨野县、郓城县、范县、观城县、朝城县)。此时辖区面积略大于今菏泽市。
中华民国初期，境内除东明县属直隶省外，其他全属山东省。 1914年(民国三年)省、县之间增设道，境内大多数县属济宁道。1925年10月22日，山东省将原4道增为11道，境内大部分县属曹濮道，东明县属直隶省大名道。1928年废道制，东明县属直属河北省，其余县直属山东省。1932年南京国民政府规定省下设行政督察区，于菏泽设立山东省第二行政督察区，除东明县属河北省第十七行政督察区外，其余各县皆属之。1938年夏至1945年8月，中国共产党在境内建立了冀鲁豫第八、第十、第十一3个专区。解放战争时期，第八专区改为第二专区，第十专区改为第五专区，第十一专区改为第三专区，新建了冀鲁豫第七专区。
1948年9月，菏泽全境解放。1949年3月，中国共产党在菏泽建立的冀鲁豫第二、三、五、七专区分别更名为临河、湖西、鲁西南、运西专区。同年8月，平原省建立，将临河、鲁西南、运西专区的部分县合并为菏泽专区，与湖西专区同属平原省。1952年11月，平原省撤销，菏泽、湖西专区归属山东省。原菏泽专区所辖的东明县划归河南省郑州专区。1953年8月20日，湖西专区撤销，单县、复程、成武、巨野划归菏泽专区，嘉祥、金乡、鱼台划归济宁专区，同时撤销南旺县，析入梁山和嘉祥县。至1953年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、定陶、曹县、单县、复程，菏泽市的区域基本形成。1956年3月6日撤销复程县，析入曹县和单县。1958年12月，撤销定陶县，析入成武和菏泽县；同时撤销菏泽专区，其所辖菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、曹县、单县等8县划归济宁专区。1959年9月，菏泽专区恢复，仍领原8县。1960年10月，改菏泽县为菏泽市，同时将济南市的平阴县划归菏泽专区。1961年3月，平阴县划归泰安专区。10月，恢复定陶县。1963年3月16日，改菏泽市为菏泽县。4月，东明县由河南省开封专区划归菏泽专区。同年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、曹县、定陶、成武、单县、巨野、梁山、郓城、鄄城、东明。1967年3月改菏泽专区为菏泽地区。1983年9月，菏泽县再次改为菏泽市(县级)。1989年12月22日，梁山县划归济宁市。2000年6月10日，经国务院批准，改菏泽地区为菏泽市(地级)，原菏泽市(县级)更名为牡丹区。2008年12月，全市下辖8县1区，158处乡镇，行政村、居委会6106个，自然村13478个。2018年末，菏泽市辖牡丹区、定陶区、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明2区7县（4月29日，定陶县正式撤县设立定陶区）1个省级经济技术开发区，1个高新技术开发区，168个乡、镇、街道办事处（乡 10个，镇 124个，32个街道办事处），6019个村（社区）。2022年末，菏泽市辖牡丹区、定陶区、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明2区7县（4月29日，定陶县正式撤县设立定陶区）1个菏泽鲁西新区（省级新区），167个乡、镇、街道办事处（乡 6个，镇 127个，34个街道办事处），5033个村（社区）。