内设机构包括办公室、人事科、改革与发展规划科（法制与行政审批服务科）、计划财务科、乡村产业发展科（对外交流合作科）、农村社会事业促进科、市场信息化与农村合作经济指导科、科技教育与农业资源保护利用科（市农业转基因生物安全管理办公室）、农产品质量安全监管科、种植业管理科（农药管理科）、畜牧水产管理科、农业机械化管理科、农田建设和农垦科。

所属事业机构包括检测中心、土肥站、推广站、种子站、植保站、信息中心。