承担海沧区、海沧口岸及海沧保税港区等特殊监管区域各类海关管理工作。

下设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、运行监控科、法律事务科、统计科、综合业务一科、综合业务二科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、核查科、产品监管科、物流监管一科、物流监管二科、船舶监管科、保税监管科。