承担厦门市思明区、湖里区（不含海关特殊监管区域和厦门高崎国际机场）加工贸易、保税监管以及相关海关管理工作，承担关区集中审像、机动查验、复查复验、公自用物品备案工作，承担厦门市思明区、湖里区（不含自贸片区）的企业注册登记、企业核查等工作，厦门市行政片区的一般企业认证、企业信用培育、企业协调员工作，厦门行政片区(特殊监管区域除外)的减免税审批工作。

下设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、法律事务科、综合业务科、加工贸易监管科、关税科、机动查验科、集中审像科、现场业务科、企业认证科、核查科。