鄂尔多斯海关是受呼和浩特海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的执行机构，为正处级隶属海关。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成呼和浩特海关交办的其他工作。

 概  况：鄂尔多斯海关2009年9月22日正式开关，管辖范围为鄂尔多斯市的各项海关管理工作。内设科级机构6个，现有人员57名。
2019年获评“内蒙古自治区文明单位标兵”称号，先后获得“先进基层党组织”“十佳学习型党组织”、“海关榜样”集体、“巾帼文明岗”、“机关文化建设示范基地”等荣誉，2017年在全国海关2014-2015年度办公综合工作中成绩突出，授予集体三等功，2020年“口岸核心能力建设领导小组”获集体嘉奖。

 内设机构：办公室（党委办公室）、综合业务科、监管一科、监管二科、监管三科、监管四科。