呼和浩特海关是国家批准设立的进出境监督管理机关，依照《中华人民共和国海关法》和其它有关法律、法规，监管关区内的进出境运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其它物品，征收关税和其它税费，查缉走私、编制海关统计和办理其它海关业务。呼和浩特海关业务辖区为内蒙古自治区中西部的呼和浩特市、包头市、鄂尔多斯市、乌海市、巴彦淖尔市、乌兰察布市及锡林郭勒盟、阿拉善盟8个盟（市），面积72万平方公里，边境线长2,400多公里，海关管理格局总体呈现“点多、线长、面广”的特点。辖区分布有呼和浩特国际航空港、鄂尔多斯国际航空港、二连铁路、二连公路、珠恩嘎达布其、甘其毛都、满都拉、策克7个常年对外开放口岸，二连浩特机场、包头机场连续实现临时开放。

20世纪80年代中后期，被称为内蒙古“金三角”的呼和浩特市、包头市、鄂尔多斯市外向型经济发展迅猛，为方便该地区企业办理进出口手续，国务院批准成立呼和浩特海关，1991年7月6日正式挂牌并对外开办业务。

地处北疆、背靠京津、面向俄蒙的区位优势，国家西部大开发政策和提升沿边开放水平的大潮流，使得呼和浩特海关在国家和内蒙古自治区向北开放战略格局中处于重要位置，已逐步发展成为监管区域广、口岸数量多、业务门类全的综合型海关。监管口岸涵盖陆、空，运输工具包括空运航空器、陆运列车和汽车、跨境皮带，贸易方式有一般贸易、边境小额贸易、加工贸易等。海关业务的快速发展，有力推动了边境地区城镇化发展进程，确保了边境地区经济繁荣、社会稳定。1991年至2017年，关区监管货运量从36.3万吨增加到5310.5万吨，税收从0.92亿元增加到83.6亿元，关区各项工作保持了全面、协调、持续发展的良好势头。

自1955年集宁关成立，60多年来，呼和浩特海关几代边关人大力弘扬“忠诚公正、兴关强国”的海关精神，传承“热血守边关、风雪铸忠魂”的优良传统，在杳无人烟的荒原、在风沙漫舞的戈壁、在冰封雪裹的高原，常年与心灵上的寂寞和对亲人的思念为伴，与狂风、暴雪、高寒斗争，如同额济纳河畔矗立千年的胡杨，如同大漠戈壁中风化万年的磐石，如同二连浩特国门下见证沧桑的界碑，扎根边关、艰苦创业，把关戍边、恪尽职守，在72万平方公里的大漠草原上谱写了一曲“特别能吃苦、特别能战斗、特别能忍耐、特别能奉献、特别能团结”的特色边关之歌。

2017年，呼和浩特海关新一届党组成立，关区改革发展站上新的历史起点。我们将全面贯彻落实党的十九大精神，在新一届党组的带领下，坚守边关，奋楫前行，以党建廉建凝聚全关力量，以学习借鉴增强执法本领，以改革创新实现跨越发展，为海关事业，为国家政治、经济、社会、生态发展与安全做出应有的贡献！

十三届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革方案》明确“原国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”，目前转隶组建正式完成，机构职能、组织机构相关信息待新“三定”方案后更新。