负责锡林郭勒盟二连浩特市（含二连浩特铁路口岸、公路口岸、航空口岸）、苏尼特左旗、苏尼特右旗海关业务。

  概况：二连海关成立于1956年1月1日，是新中国建立的第一批海关之一。主要业务集中在二连铁路口岸和公路口岸，另有赛乌素机场口岸于2021年9月22日批复开放。铁路口岸1956年开通，全年365天开关，海关24小时接受运输工具申报，货物以进口铁矿石、铜矿粉、木材、成品油等大宗散装货物为主。公路口岸1992年开通，每天10小时（8：00-18:00）通关，货物以出口果蔬、建材、纺织品、机电产品等生活用品为主。

  内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、技术信息科、综合业务科、监控科、机场监管科、公路监管一科、公路监管二科、公路监管三科、公路监管四科、铁路监管一科、铁路监管二科、铁路监管三科14个科室及驻铁路口岸办事处，保健中心、技术中心、后勤管理中心三个事业单位。