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上海浦东国际机场海关,机构级别为副厅局级,承担上海浦东国际机场及相关海关监管场所、浦东机场综合保税区的各项海关业务。
机构设置:正处级内设机构10个:办公室(党委办公室)、财务处、人事政工处(党委组织宣传部)、综合业务处、物控查检一处、物控查检二处、快件监管一处、快件监管二处、旅检处、值机处。正处级办事处1个:驻空港区域办事处。科级机构85个:办公室(党委办公室)下设综合科、文秘科、督办科、法制科、技术科;财务处下设财务科、税费科、装备科、后勤保障科;人事政工处(党委组织宣传部)下设政工科、人事科、宣传科、督审科、群团科;综合业务处下设业务监控科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、综合业务四科、验估一科、验估二科、验估三科、统计分析科、法制科;物控查检一处下设业务监控科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、查验五科、查验六科、查验七科、查验八科;物控查检二处下设业务监控科、分析查控科、中转监管科、舱单管理科、监管场所管理科、前置拦截处置一科、前置拦截处置二科、卡口监控科、法制科;快件监管一处下设业务监控科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、综合业务四科、法制科;快件监管二处下设业务监控科、物流监控一科、物流监控二科、查验一科、查验二科、查验三科、转运监管科;旅检处下设业务监控科、分析查控科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、旅检五科、旅检六科、旅检七科、旅检八科、中转一科、中转二科、中转三科、处置科、法制科;值机处下设业务监控科、值机一科、值机二科、值机三科、值机四科、保税免税监管科;驻空港区域办事处下设业务监控科、综合业务科、物流监控科、保税监管科、稽查科、卫生监督一科、卫生监督二科、卫生监督三科、法制科。