根据职责，清远市水利局设11个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担信息、保密、安全、信访、政务公开、政务信息化、宣传等工作。负责机关和指导所属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和离退休人员服务等工作。指导全市水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革有关工作。负责水利科技项目和科技成果的管理工作，组织水利科学研究、技术引进与科技推广。管理水利技术标准化工作。组织编制水利信息化规划，指导全市水利信息化建设工作。组织开展水利对外交流与合作。
负责人：张蕾，电话：0763-3696016，传真：0763-3369326
（二）水资源管理节水与政策法规科
承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护、河湖水生态保护与修复及河湖水系连通工作。编制发布市水资源公报。参与编制水功能区划，参与指导入河排污口设置管理。指导地下水相关开发利用、水资源管理保护、超采区综合治理。负责起草水利相关规范性文件。组织协调水利部门转变政府职能、深化行政审批制度改革有关工作。承担有关规范性文件的合法性审查工作。指导监督水行政执法。承担行政应诉、行政复议、行政赔偿及普法宣传、法律顾问等相关工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用。
负责人：曾燕萍，电话：0763-3364129
（三）规划计划与财务审计科
研究拟订水利发展规划、重要江河湖泊流域综合规划、水资源综合规划、重大水利专业专项规划。承担水利统计工作。提出中央和省预算内水利投资、中央和省水利财政资金分解安排建议和市级水利建设资金安排建议，并指导资金使用。负责编制运转性资金预算并组织实施。承担财务管理、资产管理和内部审计工作。提出有关水利价格、收费、信贷的建议。承担水利资金管理使用、水利工程建设管理的审计监督及绩效评价工作。
负责人：罗永光，电话：0763-3384629
（四）河湖管理科
负责水域及其岸线的管理和保护工作。指导江河湖泊、河口滩涂的开发、治理和保护工作。组织指导有关防洪论证工作。承担推进河长制湖长制的组织实施具体工作。
负责人：周宇枫，电话：0763-3364169
（五）水利工程建设与运行管理科
指导水利工程建设管理，组织制定有关制度并监督实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导江河堤围、水库、水闸、引水工程的除险加固等建设管理。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用。组织编制水库运行调度规程，指导水库、堤防、水闸、水电站大坝等水利工程的运行管理与划界。组织指导水利工程管理体制改革工作。指导监督河道采砂管理工作，组织指导河道采砂计划的编制。
负责人：蔡旭东，电话：0763-3371084
（六）农村水利水电与水土保持科
指导农村水利水电水保工作。组织开展农村大中型灌排工程、涝区治理工程的建设与改造。指导农村饮水安全工程建设管理和节水灌溉。组织拟订全市农村水能资源开发的政策及开发规划，指导农村水能资源开发、农村水电站改造与运行管理和水电农村电气化工作。指导乡镇农村供水工作。指导农村水利社会化服务体系建设。负责实施乡村振兴战略水利保障工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告。按权限监督实施开发建设项目水土保持方案。
负责人：任兰义，电话：0763-3362810
（七）监督科
督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。负责水利行业领域安全生产工作。组织指导水库、堤防、水闸、水电站大坝、农村水电站、电排站等水利工程的安全监管。
负责人：程灶林，电话：0763-3368900
（八）执法科（执法支队）
组织指导水政监察工作。承担涉水违法事件的查处。协调跨县（市、区）的水事纠纷。负责水利规费征收工作。
负责人：魏艺，电话：0763-3366359
（九）水旱灾害防御与水调度管理科
组织指导编制洪水干旱防治规划、防护标准、防御洪水方案及相关应急预案并指导实施。负责监督水利工程防汛抗旱责任制落实，指导水情旱情预警及水利工程应急抢险的技术支撑工作，完善防汛防旱监测预警管理信息平台。组织指导水利工程抢险物资储备和工程抢险队伍建设。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作。统计水利设施受灾情况，指导实施水利工程应急度汛项目。承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担台风防御期间重要水工程调度工作。指导河湖生态流量水量管理。组织指导水资源调度工作并监督实施，组织指导跨流域、跨县（市、区）调水工程前期工作，指导监督跨区域跨流域水工程的调度管理等工作。
负责人：黎晖，电话：0763-3365121
（十）行政审批科
负责市管权限河道采砂许可；负责审批市管权限取水许可；负责市管权限的水利工程管理和保护范围内新建、扩建、改建的工程建设项目方案审批；负责迁移、损坏市管水利工程设施，占用影响市管农业灌溉水源、灌排工程设施审批；负责开发建设项目水土保持方案审批；负责污水排入排水管网许可证核发；因工程建设需要拆除、改动、迁移供水、排水与污水处理设施审核；停止供水审批；负责在市管权限水利工程管理范围内的生产经营活动审批；负责洪水影响评价审批；河道管理范围内有关活动（含临时占用）审批；负责市管权限水利工程初步设计文件审批；滩涂开发利用方案审核；城市建设填堵水域、废除围堤审核。
负责水库、水电站、拦河闸坝（属水利部门管理的市管工程）调度运用计划的报备；负责水利工程报废审核、审批；负责坝高50米以下中型水库和影响县城安全或坝高30米以上的小型水库大坝安全鉴定意见的审定；负责中型水闸、机电排灌泵站和其他水利水电工程安全鉴定意见的审定。
负责人：刘德根，电话：0763-3689833
（十一）供排水管理科
指导市区、县城供水、用水、排水和污水处理管理工作。负责供水行业管理和供水行业特许经营的具体实施工作；编制市区供水发展规划和年度计划并组织实施；制定供水行业的质量技术、运营服务等管理标准和规范并监督实施；监督管理供水企业的供水水质；负责城市二次供水的监督管理工作；协调城市建设中供水管网管线的改、扩建工作；负责供水突发事件应急管理工作，指导供水企业的安全生产工作；参与审核供水行业有关调价方案；会同有关科室管理供水建设资金，审核使用计划。
负责排水行业管理和排水行业特许经营的具体实施工作，编制本市排水规划、排水工程年度建设计划、设施维护计划并组织实施；组织并监督实施排水、污水处理、再生水利用设施建设、运行、管理的标准、规范和规程；研究提出再生水利用的政策建议；负责排水管网接驳、迁改、临时占用排水设施的管理工作；负责排水应急管理和指导已建排水设施的安全生产工作；监督污水处理费的征收管理工作。
负责人：廖晓明，电话：0763-3369330
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。
