鄂尔多斯市医疗保障局设下列内设机构：
（一）办公室
负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开、政策宣传和合作交流等工作。承担机关财务、资产管理工作，推进医疗保障信息化建设。承担机关和所属单位的人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设等工作。
联系电话：0477-8580885、8581050、8125198、8121222
（二）行政审批科（待遇保障科）
按规定权限承担局机关依申请行政许可、确认、奖励、给付事项的受理、审批、转报等工作和日常管理服务类事项的审核、批准、备案等工作。负责协调各业务科室对行政审批事项的后台支持工作。承担机关规范性文件合法性审查和行政复议、行政应诉工作。组织政策调查研究，承担协调改革方面工作。拟订医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准，统筹推进基本医疗保险、商业补充保险、医疗救助、健康扶贫等多层次医疗保障体系建设。落实医疗保障关系转移接续制度。贯彻执行国家、自治区定点医药机构准入管理政策规定，负责医疗保障待遇审核工作。
联系电话：0477-8586894
（三）医药综合服务管理科
负责拟订医保目录和支付标准，建立动态调整机制，贯彻执行国家、自治区医保目录准入谈判规则。拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策，组织推进医保支付方式改革。按照国家、自治区要求，组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。贯彻落实国家、自治区药品、医用耗材价格政策，组织拟订医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策，建立价格信息监测和信息发布制度。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，推进招标采购平台建设。
联系电话：0477-8586838
（四）规划财务与基金监管科
负责组织拟订医疗保障工作规划，组织编制全市医疗保障基金预决算草案，拟订医疗保障基金管理办法并组织实施，负责医疗保障基金的拨付、支付工作。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务。负责市本级医疗保障领域行政执法工作，查处全市性、跨旗区医疗保障领域违法行为，办理重大行政案件。指导监督管理旗区相关行政执法工作。承担机关和所属单位预决算、内部审计工作。
联系电话：0477-8580899、8588301
（五）机关党委
负责机关和所属单位的党群、纪检等工作。
联系电话：0477-8586835
