伊春市疾病预防控制中心设置17个内设机构。

一、办公室（联系电话：6113693）

二、突发公共卫生事件应急处理办公室（联系电话：6113681）

三、慢性非传染性疾病预防控制科（联系电话：6113652）

四、地方病预防控制科（联系电话：6113675）

五、结核病防治科（联系电话：6113665）

六、消毒科（联系电话：6113670）

七、质量管理科（联系电话：6113651）

八、传染病预防控制科（联系电话：6113683）

九、性病艾滋病防制科（联系电话：3875625）

十、病毒虫媒病预防控制科（联系电话：6113695）

十一、卫生检验检测科（联系电话：6113660、6113659）

十二、预防保健门诊部（联系电话：6113685）

十三、职业病防治所（联系电话：6113598）

十四、计划免疫科（联系电话：6113617）

十五、公共卫生监测科（联系电话：6113731）

十六、学校卫生科（联系电话：6113731）

十七、健康教育科（联系电话：6113678）

其中在传染病预防控制科加挂艾滋病高危人群干预工作队牌子，卫生检验检测科挂性病预防控制检验中心牌子。