中共梨树县孤家子镇委员会领导镇各种组织、县级部门延伸机构和各项工作，对镇经济、政治、文化、社会、生态文明建设实行全面领导，对镇党的建设和乡村振兴全面负责。梨树县孤家子镇人民政府根据镇经济社会发展的特点和资源禀赋，确定功能定位，加快职能转变步伐，推进区域发展。

孤家子镇党委、政府下设综合办公室、党建工作办公室、平安建设办公室、社会事务办公室、农业农村办公室、综合行政执法办公室、城乡建设和生态环境办公室、经济发展办公室等综合性办事机构，镇人大、纪检监察、人武、工会、共青团、妇联等组织按有关规定设置并开展工作。

镇政府下辖梨树县孤家子镇综合服务中心一个事业单位，根据所承担的工作职责和编制总量，核定内设农业发展服务站、林业服务站、水利服务站、畜牧兽医服务站、农村集体经济服务站、农机服务站、自然资源和乡建服务站、人力资源和社会保障服务站、退役军人服务站、应急服务站、环境保护服务站、扶贫和社会事务服务站、卫生健康服务站、文化广播服务站、党建综合服务站等机构。