昌都市宗教事务局为市政府工作机关，正县级，执行政府会计制度，实行独立的财务核算。

（一）贯彻执行党中央、国务院和自治区宗教工作的方针、政策和法律、法规、规章；拟订并组织实施市宗教工作的中长期规划和年度计划。

（二）依法履行宗教事务管理职责，依法保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动，维护宗教界合法权益，促进宗教关系和谐；负责寺庙和僧尼登记、发证和备案管理工作；负责检查指导全市宗教活动场所的管理；负责监督检查上级民宗部门核定的寺庙员额的落实情况；负责宗教管理组织成员、宗教执事人员和经师的培养教育、管理工作；依法管理藏传佛教活佛转世的有关工作；指导全市宗教事务部门依法履行管理职责。

（三）负责指导监督、检查宗教团体依法依章组织开展活动，支持宗教团体加强自身建设，推动宗教团体在宗教界开展爱国主义、社会主义教育和法制宣传教育，组织开展拥护祖国统一和民族团结的自我教育活动，办理宗教团体需由政府解决或协调的有关事务。

（四）负责指导管理本市内社会宗教（社会流散宗教从业人员、宗教用品）工作，拟订其相应的管理规定并监督实施；负责审核上报全市宗教界人员、伊斯兰教朝觐人员和天主教人员的出入境有关手续。

（五）配合专门机关揭露和打击达赖集团等境内外敌对势力利用民族宗教危害国家安全及社会稳定的破坏活动，依法履行管理职能，防范利用宗教进行的非法、违法活动，抵御境外利用宗教进行的渗透活动。

（六）参与涉及宗教事务的对外宣传工作，接待国内外宗教团体的来访。

（七）承办市委、市政府交办的其他事项。