1、统筹研究关于农业农村、水利、移民等中长期规划和重大政策；拟定有关地方性规范文件，推动发展农村社会事业、公共服务、风俗文化、基础设施和乡村治理。
2、组织落实深化农村经济体制改革和巩固完善农村基本经营制度的政策。
3、指导乡村特色产业、农产品加工业、休闲农业和涉农企业发展工作，加强农业农村人才工作；发布农业农村经济信息，监测分析农业农村经济运行；承担农业统计和农业农村信息化有关工作；负责种植业、畜牧业、农业机械化、农村能源等农业各行业的监督管理；负责农业防灾减灾、动植物重大疫病防治工作；负责农业投资项目、农业综合开发项目管理；参与涉农资金管理；负责农产品质量安全监督管理。组织开展农产品质量安全监测、追溯、风险评估。
4、指导农用地、渔业水域以及农业生物物种资源的保护与管理，负责水生野生动植物保护、耕地及永久基本农田质量保护工作；负责有关农业生产资料和农业投入品的监督管理。配合做好农业生产资料市场体系建设。负责畜禽屠宰行业监管。
5、负责水行政管理工作。负责农村水利设施、河道堤防的建设和管理工作；组织、指导、协调农村饮水安全、农田水利、节水、水土保持、水域及岸线综合治理等工作的建设管理与质量安全监督检查；负责农村饮水安全工程建设与管理工作；负责农村饮水安全管理工作；负责水土保持工作；负责水利规费征收；负责长江禁采管理工作。负责涉水行政违法案件的调查上报，配合上级水政监察部门开展水政执法工作；负责水情旱情监测预警工作。
6、负责全区大中型水库移民管理，落实移民后期扶持政策；负责三峡后续工作的综合管理工作；负责移民项目及资金的管理、监督检查等工作；负责移民信访维稳等工作。
7、负责农业综合开发中心、“三资”管理办和河道堤防管理段的管理。
8、负责本行业、本领域生态环境保护、安全生产监督管理工作。

内设机构及职责

1、办公室
负责机关日常运转、综合协调工作。承担文电、信息、安全、机要、保密、档案、信访、会务、政务公开、综合调研、新闻宣传等工作。
2、农业股
负责农业行政管理和执法工作；负责宣传、贯彻、落实农业法律、法规和各项方针政策；负责农业科技推广、培训和科普宣传；负责农业生态环境保护,制定耕地质量和肥料使用技术规范；负责农产品质量安全监督管理工作。组织农业领域的抗灾救灾工作。
3、水利股
负责农村水利设施、河道堤防的建设和管理工作；组织、指导、协调农村饮水安全、农田水利、节水、水土保持、水域及岸线综合治理等工作的建设管理与质量安全监督检查；负责农村饮水安全工程建设与管理工作；负责农村饮水安全管理工作；负责水土保持工作；负责水利规费征收；负责长江禁采管理工作。
负责涉水行政违法案件的调查上报，配合上级水政监察部门开展
水政执法工作；负责水情旱情监测预警工作。
4、移民股
负责贯彻执行移民政策法规和措施；移民安置、扶持、管理和监督工作；组织编制、审核、申报移民后期扶持规划、大中小型水库移民后期扶持项目和两区（库区、安置区）扶持资助项目年度计划；组织开展对全区移民后期扶持政策执行、项目实施的指导、监督、检查和评估工作；负责管理各项移民专项资金，对其
拨付使用实行监督检查，接受国家的稽察和审计；配合区直有关部门管理好各类专项配套资金，促进我区经济和社会发展；负责三峡移民后续工作的综合管理协调等工作；负责移民工作的宣传、教育、培训、外事、信访工作。
5、畜牧股
负责动物屠宰监督管理工作。监督管理兽医医政、兽药及兽医器械。指导畜禽粪污资源化利用。监督管理畜禽屠宰、饲料及其添加剂。组织实施动物防疫检疫。
6、行政审批股
负责本部门行政审批工作，发放有关行政许可证件；负责本部门行政执法体系建设和农林水法治宣传教育工作；负责本部门行政执法人员培训及证件审核发放工作；依法办理本部门行政执法案件；负责本部门行政诉讼案件的应诉工作。