五峰土家族自治县卫生健康局设4个内设机构：局办公室、公共卫生股（卫生应急办公室）、医政医管与基层卫生股、人口监测与家庭发展股。

局办公室：负责机关日常运转。承担综治、维稳、安全、保密、信访、政务公开等工作。负责机关和直属单位党群工作。负责全县卫生健康系统安全生产监督管理、意识形态、宣传思想文化工作。负责新闻宣传及信息发布工作。拟订全县卫生健康人才发展政策措施。承担机关及所属单位的人事管理、机构编制、队伍建设等工作。负责卫生健康专业技术人员资格管理。负责离退休干部工作。组织拟订全县卫生健康事业发展中长期规划。指导全县卫生健康服务体系及信息化建设。拟订全县医用装备配置管理办法并组织实施。承担机关和预算管理单位预决算、财务、统计、资产管理和内部审计工作。指导和监督全县卫生健康行业项目资金管理。

公共卫生股（卫生应急办公室）：组织实施国家免疫规划，拟订全县重大疾病防治规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施。承担传染病疫情信息报告与发布工作。组织拟订健康五峰建设重大政策、任务、措施并督促实施，承担健康五峰建设协调推进工作。组织实施国家基本公共卫生服务项目。组织开展全县爱国卫生运动工作。组织开展卫生健康宣传、科学普及、健康教育、健康促进活动。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作，协调开展职业病防治工作。承担卫生应急工作。指导全县卫生应急体系和能力建设。组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。组织开展食品安全风险监测、评估和交流。拟订全县妇幼卫生健康政策和规范，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。组织拟订并协调落实全县应对老龄化的政策措施。组织拟订医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。组织开展老龄化国情教育活动，营造养老孝老敬老氛围。承担县老龄工作委员会的具体工作。

医政医管与基层卫生股：拟订全县医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、输血管理以及行风建设等行业管理政策规范并监督实施。承担推进护理、康复事业发展工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。负责组织协调全县卫生健康专业技术人员岗位培训和科学普及工作。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育。承担国防动员医疗卫生工作。组织协调全县突发公共事件医学救援和紧急医学救援工作。承担全县重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。拟订全县基层卫生健康政策和规范并组织实施。指导社区、村级卫生健康服务体系建设和乡村医生相关管理工作。拟订全县中医发展规划和政策措施。负责中医科技创新体制建设，组织实施中医科技项目评审验收及成果推广。组织对传统中医药理论、医术、秘方、验方的整理和总结推广。组织实施国家基本药物制度和国家药物政策。开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，落实国家药品价格政策。组织开展无偿献血工作。负责全县健康扶贫工作。研究提出全县深化医药卫生体制改革重大政策、任务、措施的建议。承担深化医药卫生体制改革具体工作。承担组织推进公立医院综合改革工作。组织起草卫生健康单行条例、规范性文件。承担规范性文件的合法性审查、行政应诉等工作。负责协调行政许可审批工作。拟订职业卫生、放射卫生相关政策措施、标准并组织实施。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善综合监督体系，指导规范执法行为。

人口监测与家庭发展股：承担全县人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议。完善生育政策措施并组织实施。建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度并组织实施。