（一）贯彻执行国家、省、市卫生工作方针、政策和法律法规，推进医药卫生体制改革，拟定全县卫生工作政策、规章，制定各项卫生技术标准并监督实施。

（二）制订并组织实施全县卫生事业发展的总体规划和计划；研究制订全县区域卫生规划、统筹规划与协调全县卫生资源配置；制订社区卫生服务发展规划和服务标准，并指导实施。
  （三）制订全县卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范，并组织实施。
    （四）研究指导全县医疗机构改革对卫生机构贯彻实施医疗质量标准和服务规范实行监督。
    （五）组织实施国家药物政策和基本药物制度，监督实施药品法典和国家基本药物目录。
    （六）承担食品安全综合协调，组织查处食品安全重大事故的责任，监督实施食品安全标准，负责食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，统一发布重大食品安全信息。加强对全县食品药品安全工作的指导和监督。
    （七）贯彻执行党的中医政策和中医药法律、法规。中西医并重的方针，推进中医药的继承与创新，制定全县中医人才培训和中医事业发展规划，并组织实施。
    （八）贯彻预防为主方针，制订社区健康教育规划，组织开展全民健康教育和卫生宣传，开展爱国卫生运动；研究制订对人民群众健康危害疾病的控制规划，组织对传染病、地方病和常见病、多发病等重大疾病的综合防治。
    （九）组织制定全县卫生监督发展规划和政策措施、规划并指导卫生监督体系建设，指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、劳动卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
    （十）组织制定全县社区卫生、妇幼卫生、健康教育的发展规划和政策措施，组织指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施，负责妇幼保健的综合管理和监督。
    （十一）组织制定全县农村卫生发展规划和政策措施，规划并指导农村卫生服务体系建设。
    （十二）研究制定全县医学科学研究发展规划，组织医药科研成果评定、推广、应用和开发；对重大医药卫生科研组织攻关，积极推动医药科技为卫生事业发展服务。
    （十三）制定卫生应急预案和政策措施，规划并指导卫生应急体系建设，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导开展突发公共卫生事件预防控制与应急处置工作，发布突发公共卫生事件应急处置信息。遇有重大突发事件和自然灾害，在县政府统一领导下，组织调度全县卫生技术力量协助政府和有关部门抢救伤病员，防止和控制疾病的发生和蔓延。
    （十四）负责全县医疗卫生单位职工道德教育、法制教育，促进卫生行业的社会主义精神文明建设。建立和完善全县卫生信息系统管理和做好各项财务、卫生统计汇总和上报工作。
    （十五）负责局机关和直属医疗卫生单位的组织人事、劳动工资、职称改革的管理工作。
    （十六）承担县地方病防治领导小组和县政府艾滋病防治工作委员会的具体工作。
    （十七）承办县政府交办的其它工作。

杞县卫生健康委员会机关内设9个科室，分别办公室、人事股、财务股、医改办、中医股、疾控股、医政股、公卫办、行政审批股和29个归口预算管理所属二级单位。