内设机构：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、查检科

主要职责：承担石河子市和石河子市以西的奎屯市、乌苏市、克拉玛依市（含独山子区）、沙湾县、玛纳斯县区域内进出境运输工具、货物、物品及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担石河子海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化、财务管理、综合保障等工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。