内设机构：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、查检科

主要职责：承担吉木乃口岸、吉木乃县、布尔津县、哈巴河县区域内进出境运输工具、货物、物品及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担吉木乃海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化等工作及完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。