内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务一科、综合业务二科、监管一科、监管二科、监管三科、监管四科、监管五科、查检一科、查检二科、查检三科、财务科、资产管理科、技术科

主要职责：承担阿拉山口铁路口岸、公路口岸、博尔塔拉蒙古自治州区域内进出境运输工具、货物、物品及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担阿拉山口海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化、财务管理、综合保障等工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。