内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工监察科（党委组织宣传部）、综合业务科、监管科、查检科、稽核查科

主要职责：承担辖区内（除霍尔果斯市、霍城县、奎屯市、察布查尔锡伯自治县）进出境运输工具、货物、物品、邮件及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担伊宁海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化等工作。根据总关党委授权，承担伊犁区域企业认证和稽核查作业的具体实施；承担都拉塔海关、伊宁海关财务管理、综合保障工作；承担伊犁区域内海关的后勤保障工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。