内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务科、监管一科、监管二科、监管三科、查检科、业务审核科、稽核查科、财务科

主要职责：承担乌鲁木齐铁路口岸、乌拉斯台口岸、昌吉州、吐鲁番市区域内进出口商品、运输工具及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担中欧班列集拼集运、乌鲁木齐国际陆港区的检查、检验、检疫业务；承担乌鲁木齐综合保税区的监管、检验检疫业务；承担乌昌海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化、财务管理、综合保障等工作。根据总关党委授权，承担关区业务集中审核审批，统一承接和办理关区关税、监管、加贸、企管、检验检疫等有关行政许可审批、备案等业务事项；承担关区（不含南疆地区、伊犁区域）企业认证和稽核查作业的具体实施。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。