内设机构：办公室（党委办公室）（正处级）、综合业务处（正处级）、查检处（正处级）、稽查处（正处级）、物流监控处（正处级）、人事政工处（党委组织宣传部）（正处级）

下设机构：喀什海关驻机场办事处（正处级）

工作职责：承担辖区内进出口商品、运输工具、邮件及人员的征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作；承担喀什海关干部队伍管理、基层党建、准军事化建设、宣传思想文化等工作。根据总关党委授权，承担喀什区域内干部交流、财务管理、综合保障等工作；承办南疆四地州和巴音郭楞蒙古自治州企业管理和稽核查工作。完成乌鲁木齐海关交办的其他工作。