机构职能:负责瑞丽市（除畹町经济开发区）内口岸、通道（除姐相、弄岛）、保税监管场所的海关监管；负责办理瑞丽市内的属地海关业务。瑞丽海关驻姐告办事处负责瑞丽市姐告边境贸易区内的海关检验检疫业务及边境管控任务。瑞丽海关驻弄岛办事处负责瑞丽姐相、弄岛通道及中缅油气站的海关监管业务。

机构设置:办公室、人事政工科、综合保障科、技术科、综合业务科、稽查科、监管一科、监管二科、行邮一科、行邮二科、驻姐告办事处、驻弄岛办事处、综合技术中心、后勤管理中心、缉私分局。