机构职能:1．承担昆明市、楚雄州（除中国邮政昆明国际邮件互换局、快件监管中心、昆明长水机场跨境电子商务直购监管中心、昆明综合保税区、腾俊国际陆港保税物流中心（B型）、昆明高新保税物流中心（B型）、俊发·新螺蛳湾）的出口申报前检验检疫监管，进口目的地检验检疫监管；2．承担昆明市、楚雄州的企业资质管理和稽核查业务，以及总关授权的关区稽核查专项工作；3．受总关委托，承担关区各职能处室承担的行政审批事项“一个窗口”统一受理、发证工作。在玉溪海关、曲靖海关开关运行之前，玉溪海关、曲靖海关的业务（含昭通市）分别由滇中海关和邮局海关对应上述职责承担。

机构设置:内设科室：办公室（党委组织宣传部）、综合保障科、综合业务科、监管一科、监管二科、稽查一科、稽查二科、核批一科、核批二科。