机关职能：负责钦州市境内除口岸监管业务外的各项海关管理工作，承担钦州市境内企业管理、保税监管及核查外勤业务作业、原产地证签证职责；钦州市境内常规及现场、区域中心、国家重点实验室管理（钦州港海关管理的常规及现场实验室除外）。

机构设置：设7个正科级内设机构：办公室、综合业务科、监管科、业务监控科、统计分析科、企业管理与核查科、人事政工科。