邕州海关是受南宁海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关。邕州海关管辖范围为南宁市除南宁空港、南宁国际邮件互换局、南宁综合保税区外的各项海关管理工作。主要职责是：

（一）贯彻落实党中央关于海关工作的方针政策，贯彻落实党中央、国务院各项决策部署和中央领导同志重要批示指示精神，贯彻落实海关总署、广西自治区党委政府各项决策决议和署领导、广西自治区领导批示要求，组织实施南宁海关党委各项决议、关领导批示等。

（二）执行与海关工作有关的各项法律法规和政策规定，督促、检查所属各部门各项工作，反馈执行结果。

（三）承担辖区进出境运输工具、货物、物品、人员、各类海关监管作业场所的实际监管，开展海关检查、检验、检疫、检测鉴定等现场处置。

（四）承担辖区进出口关税及其他税费征收管理工作。

（五）承担关区H986集中审像作业。

（六）承担关区稽查作业相关业务。

（七）承担关区企业稽查工作；承担南宁市企业管理、核查等工作；承担辖区保税监管业务、主动披露工作。

（八）承担辖区出入境卫生检疫、出入境动植物及其产品检验检疫工作。

（九）承担辖区进出口商品法定检验工作，开展进口食品、化妆品检验检疫和监督管理，依据双边、多边协议实施出口食品相关工作。

（十）承担辖区风险信息收集、分析、反馈工作，执行各项风险处置措施。

（十一）承担辖区业务数据采集、数据核查、分析研究、统计数据对外提供工作。

（十二）承担本关党的基层组织建设和干部队伍建设。

（十三）承担本关人事、政工、监察、督审及技术运维有关工作。

（十四）承担本关经费、财务、车辆、装备、国有资产及基建维修。

（十五）承担与辖区所在地的地方党政机关及其他各相关单位的各类工作联系，承办辖区外事有关工作。

（十六）完成南宁海关交办的其他工作。

机构设置：邕州海关设12个正科级机构：办公室（党委办公室）、综合业务科、监管科、集中审像一科、集中审像二科、企业管理与核查科、稽查一科、稽查二科、稽查三科、审核科、财务科、人事政工科（党委组织宣传部）。