机关职能：萝岗海关是受黄埔海关直接领导，按授权负责“全通”模式下报关单接单、放行、修撤、税费处置等通关监管业务；广州片区企业认证中心业务；黄埔区进口目的地检验检疫业务和出口产地检验检疫业务；监管跨境电商、快件货物、物品，征收关税及代征税。辖下1个监管场所：开发区车检场。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合保障科、属地监管科、处置科、快件电商业务监管科、企业认证内勤科、企业认证外勤科、综合业务科、监控管理科、车场监管科。