机关职能：黄埔新港海关是受黄埔海关直接领导，按授权负责3个一类码头（即广州港集团新港作业区、广州集装箱码头、广州益海粮油码头），4个二类码头（即广东中外运东江仓码头、广州东江口码头、广保通码头、广州广物物资码头），对其进出口货物、物品和进出境船舶进行实际监管。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务科、法规科、查验一科、查验二科、查验三科、船舶清关科、物流监控科、处置科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、监控管理科、后勤技术科。