机关职能：黄埔老港海关受黄埔海关直接领导，按授权负责2个一类码头（广州港股份有限公司黄埔港务分公司大码头、广州港股份有限公司石油化工港务分公司码头）、2个二类码头（广东中外运黄埔仓码头、广州广裕仓码有限公司）及沙角、三门岛、桂山、大屿山等11个锚地及水域的监管任务，对其进出口货物、物品和进出境船舶进行实际监管。

机构设置：

（一）内设科室：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务科、法规科、监控管理科、统计科、综合业务一科、综合业务二科、综合业务三科、船舶清关科、物流监控科、查验一科、查验二科、处置科、原产地管理科、后勤技术科

（二）船舶监管办事处（副处级）：综合科、船舶监管一科、船舶监管二科