机构职能：汕尾海关是受汕头海关直接领导，按授权负责汕尾市（不含海丰县）、深汕特别合作区范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成汕头海关交办的其他工作。功能类型为偏口岸综合型。下设副处级机构：驻陆丰办事处。

机构设置：关本部内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工监察科（党委组织宣传部）、综合业务科、运输工具和口岸监管科、查检一科、查检二科（特合区工作科）、企业管理和稽查科、监控分析科。

事业单位：汕尾海关综合技术服务中心。

驻陆丰办事处内设机构：办公室、查检科。

负责人姓名：

林育生（关长、党委书记）

陈胜捷（汕尾海关缉私分局局长、汕尾海关党委委员）

林德铭（汕头海关党委第七派驻纪检组组长、汕尾海关党委委员）

林建雄（汕尾海关驻陆丰办事处主任、汕尾海关党委委员）

陈少敏（副关长、党委委员）

丁伟民（汕尾海关党委委员）