机构职能：肇庆海关是受广州海关直接领导，按授权负责肇庆市范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，主要负责党的基层建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成广州海关交办的其他工作。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务装备科、分析预警科、综合业务科、政务服务科、稽查科、查检科、三榕港监管科、四会港监管科、高要港监管科、新港监管科、跨境电商监管科、技术运维保障科。