机构职能：南沙海关是受广州海关直接领导，按授权负责广州市南沙区范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，主要负责党的基层建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成广州海关交办的其他工作。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务装备科、技术运维保障科、分析预警科、法制科、政研室、综合业务科、稽查科、政务服务科、查检科、自贸区和特殊区域发展科、大南沙审核业务科、小南沙审核业务科、快跨审核业务科、案件处置科、物流监控科、锚地监管科、跨境电商监管科、旅检科、邮轮监管科、货港监管科、天航快件监管科、小虎石化监管科、小虎汽车监管科、散货码头监管科、南沙港查验科、南沙港运输工具监管科、海新冷链查验科、南沙机检集中审像科、南沙港快件监管科、南沙港物流区监管科、南沙港加工区监管科、卫生检疫科。