机构职能：番禺海关是受广州海关直接领导，按授权负责广州市番禺区范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，主要负责党的基层建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成广州海关交办的其他工作。

机构设置：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务装备科、技术运维保障科、分析预警科、综合业务科、稽查科、政务服务科、查检科、卫生检疫科、沙湾监管科、珠宝园监管科、莲花港监管科、莲花港跨境电商监管科、莲花港旅检科。