中华人民共和国驻马店海关，机构规格正处级，2018年按照中央关于党和国家机构改革的决策部署，原出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关。经中央编办、海关总署批准，设立驻马店海关，2020年12月10日正式开关运行，对外办理海关业务。下设科级机构3个，分别为：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、查检科。

驻马店海关受郑州海关直接领导，按授权负责驻马店市所辖县（市）范围内海关各类管理工作的执行。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成郑州海关交办的其他工作。