中华人民共和国周口海关，机构规格正处级，2004年经国务院批准成立，2006年1月23日正式开关。2018年根据机构改革部署，原出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关，经中央编办、海关总署批准，设立周口海关。下设科级机构3个，分别是：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、查检科。

周口海关受郑州海关直接领导，属地型海关，按授权负责周口市区域范围内海关各类管理工作的执行。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成郑州海关交办的其他工作。