蓬莱海关是受青岛海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的执行机构，为正处级隶属海关。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成青岛海关交办的其他工作。

概况：蓬莱海关于1997年开始筹建，1998年10月29日正式开关，辖区为烟台市蓬莱区的海关管理业务。蓬莱海关管辖范围为烟台市蓬莱区的各项海关管理工作。

近年来，蓬莱海关先后获得“青岛海关先进集体”“山东省级文明单位”“山东省青年文明号”“烟台市先进基层党组织”“蓬莱市支持地方经济建设最佳单位”“十佳服务窗口”等荣誉称号。

内设机构：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、业务运行监控科、查验一科、查验二科、口岸监管一科、口岸监管二科、企业管理和稽查科

事业单位：技术中心。