菏泽海关是受青岛海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的执行机构，为正处级隶属海关。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成青岛海关交办的其他工作。

概况：菏泽海关，前身是青岛海关驻菏泽办事处，于1995年1月经海关总署批准成立，1996年12月正式对外办理业务，2018年12月经批准成立菏泽海关。管辖范围为菏泽市的各项海关管理工作。现有关员51余人。

菏泽海关先后荣获省级文明单位（2009年）、省级青年文明号（2015年）、全国海关先进基层党组织（2016年）、全国文明单位（2017年）等荣誉。

内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务科、业务运行监控科、企业管理科、保税监管科、查检一科、查检二科、稽查科。