济宁海关是受青岛海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的执行机构。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成青岛海关交办的其他工作。

概况：济宁海关于1994年3月30日正式开关，管辖范围为济宁市的各项海关管理工作，现有关员80余人。

2007年被评为省级文明单位，先后获评全国打击虚开骗税违法犯罪工作成绩突出集体、“省级青年文明号”、山东口岸第七次共建精神文明先进单位，山东省法制宣传教育示范基地，连续多年荣获“支持济宁发展突出贡献奖”称号。2019年被青岛海关评为“优秀集体”，“让天使听到爱”志愿服务项目荣获山东省学雷锋志愿服务“四个100”最佳志愿服务项目、省直机关最美志愿服务项目。

内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、综合业务科、法制科、业务运行监控科、企业管理科、保税监管科、查检一科、查检二科、查检三科、稽查科

下辖机构：驻曲阜办事处（副处级）

事业单位：综合技术服务中心。