平潭海关是受福州海关直接领导，按授权负责平潭综合实验区行政辖区和平潭进出境动植物检疫隔离处理中心海关各类管理工作的执行机构。负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；承办上级交办的其他工作事项。

　 机构设置：

　　 （一）内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、行财科、综合业务科、法制科、企业管理和稽查科、监管科、旅检科、对台小额商品交易市场监管科、环岛监控科。

　　 （二）派驻机构：驻金井办事处（副处级）。