莆田海关是受福州海关直接领导，按授权负责莆田市行政辖区海关各类管理工作的执行机构。负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；承办上级交办的其他工作事项。

机构设置：

　　 （一）内设机构：办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、行财科、综合业务科、企业管理科、查检科、稽查科、保税业务科、运输工具监管科、查验科、仙游监管科。

　　 （二）派驻机构：驻秀屿办事处（副处级）。