马尾海关是受福州海关直接领导，按授权负责马尾区、长乐区行政辖区内海港口岸（除长乐区松下港外）和马尾区行政辖区内福州出口加工区等特殊监管区域海关各类管理工作的执行机构。负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；承办上级交办的其他工作事项。

内设机构：

办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、行财科、综合业务一科、综合业务二科、法制科、运输工具监管科、物流监控科、查验一科、查验二科、查验三科、旅检科、跨境电商监管科、亭江监管科。